Отделен тип
Мембранният модул и биореакторът се монтират отделно.
Смесената течност в биореактора се поставя под налягане от циркулационна помпа и след това се изпомпва към филтриращия край на мембранния модул. Под налягане течността в смесената течност прониква през мембраната, превръщайки се в обработена вода; твърди вещества и големи молекули се задържат от мембраната и се връщат в биореактора с концентрата.
Интегриран тип
Мембранният модул се поставя вътре в биореактора. Захранващата вода навлиза в мембранния-биореактор, където повечето замърсители се отстраняват от активната утайка в смесената течност и след това водата се филтрира от мембраната под външно налягане.
Този тип мембранен-биореактор има относително ниска консумация на енергия, тъй като елиминира системата за циркулация на смесена течност и разчита на-подпомагана от помпа филтрация; той също така има по-компактен отпечатък от отделния тип и получи значително внимание в областта на пречистването на вода през последните години. Въпреки това, обикновено има относително нисък мембранен поток, предразположен е към замърсяване на мембраната и е трудно да се почиства и заменя след замърсяване.
Композитен тип
По форма той също принадлежи към категорията на интегрираните мембранни биореактори. Разликата е, че опаковъчният материал се добавя вътре в биореактора, за да се образува биореактор с композитна мембрана, което променя някои от свойствата на реактора.